Proben von Muskulatur, Organen sowie Lymphknoten werden den Schlachtkörpern entnommen und auf ihren allgemeinen Keimgehalt sowie auf spezielle Krankheitserreger untersucht. Da bei (möglicherweise) erkrankten Tieren damit gerechnet werden muss, dass sie vor der Schlachtung mit Antibiotika behandelt wurden, wird gleichzeitig ein Hemmstofftest durchgeführt, um zu prüfen, ob Rückstände solcher Medikamente nachweisbar sind.