Die Untersuchung von Lebensmitteln auf das Vorkommen von bakteriellen Krankheitserregern wie Salmonellen, Campylobacter, EHEC oder Listeria monocytogenes und/oder viraler Erreger (z.B. Noroviren) dient dem gesundheitlichen Verbraucherschutz.
Daneben wird aber auch die hygienische Beschaffenheit von Lebensmitteln geprüft, um Aussagen zu Frischezustand und Hygienestatus zu erhalten. Die quantitative Erfassung des vorhandenen Keimspektrums (z.B. Verderbniskeime, produkttypische Reifungsflora, Indikatorkeime) geben Hinweise auf die Einhaltung hygienischer Herstellungs- und Behandlungsbedingungen im Umgang mit dem Lebensmittel.
Zur Haltbarkeitsüberprüfung werden solche Untersuchungen zusätzlich auch am Ende des Mindesthaltbarkeits- bzw. Verbrauchsdatums durchgeführt (sogenannte Lagerungsversuche).
Die klassischen kulturellen Verfahren (vgl. Abbildung 1) werden zunehmend durch moderne molekularbiologische Methoden ergänzt, die zum einen ein schnelles Screening-Ergebnis liefern, zum anderen die isolierten Erreger typisieren und näher charakterisieren können (z.B.Toxinbildungsvermögen).