Der morphologische Nachweis von Viren mit dem Transmissionselektronenmikroskop (TEM) gehört zu den klassischen Methoden der Virologie. Im Zusammenhang mit der Diskussion um neu oder erneut auftretende Erkrankungen (Emerging/Re-Emerging Diseases) ist dieses Untersuchungsverfahren, das einen “offenen Blick“ in die Probe erlaubt, wieder stärker in den Fokus der mikrobiologischen Diagnostik gerückt. „Offener Blick“ heißt, dass nicht nur Viren sondern sämtliche in der Probe eventuell vorhandenen Erreger nachgewiesen werden können. Dazu zählen beispielsweise Bakterien, auch zellwandlose Mycoplasmen oder Zellanhänge von Bakterien (Fimbrien).
Das im Grunde klassische Verfahren ergänzt sinnvoll die Palette der veterinärmedizinischen Untersuchungstechniken am Hessischen Landeslabor, da beispielsweise molekularbiologische Techniken nicht immer geeignet sind, bewährte konventionelle Untersuchungsmethoden zu ersetzen. Insbesondere bei der Identifizierung neuer, unbekannter Erreger und deren Klassifizierung anhand charakteristischer morphologischer Strukturen ist eine TEM- Untersuchung oft die einzige zielführende Methode. Das liegt unter anderem daran, dass molekularbiologische Verfahren wie die PCR (Polymerase-Chain-Reaction = Polymerase-Kettenreaktion, ein künstliches Verfahren zur Vervielfältigung von DNA) häufig sehr spezifisch auf ein oder einige wenige Erregergenome ausgerichtet sind.
Mit der TEM können unter der Voraussetzung, dass genügend Erreger (104-106 Partikel pro Milliliter (ml)) in der Probe vorhanden sind, durch morphologische Kriterien sicher nachgewiesen werden. Auf diese Weise ist auch eine Diagnostik von Mehrfach- oder Mischinfektionen möglich. Jedoch ermöglicht die TEM-Diagnostik lediglich eine Diagnose der Virusgruppe (z.B. Parapox-Virus), nicht aber den spezifischen Typ.