Hierbei wird zwischen der Kontrolle aufgrund potentieller Risiken und der aufgrund bereits bekannter Risiken unterschieden. Hinsichtlich der Risiken liegt der Kontrollschwerpunkt bei der Probennahme von Frischobst und Gemüse auf der Untersuchung auf Rückstände von Pestiziden. Daneben werden aber auch Untersuchungen auf Parameter wie Kontaminanten (z. B. Nitrat oder Aflatoxine), auf Schwermetalle, Ethylenoxide, mikrobiologische Verunreinigung, Belastung mit radioaktiven Isotopen oder auf gentechnisch veränderte Organismen (GVO) usw. durchgeführt.
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