Am Ende der Reaktion liegt dann der kopierte Genomabschnitt in großer Menge vor (= PCR-Produkt) (IllustrationsvideoÖffnet sich in einem neuen Fenster). Bei der sog. konventionellen oder „Gel“-PCR kann das PCR-Produkt nun in einem Agarosegel sichtbar gemacht werden, indem ein fluoreszierender Farbstoff zugegeben wird, der sich in die DNA einlagert. Bei Bestrahlung des Gels mit UV-Licht in einem speziellen Auswertegerät, leuchtet der Farbstoff auf und zeigt so die Anwesenheit der DNA an.
Eine andere PCR-Variante, die heutzutage bevorzugt eingesetzt wird, kommt ohne die Anfärbung der PCR-Produkte im Agarosegel aus. Sie wird als real-time PCR bezeichnet. Hier wird während jedes „Kopiervorgangs“ ein bestimmtes Molekül im Reaktionsgemisch abgebaut – die sog. Sonde – wodurch Fluoreszenzlicht entsteht. Je mehr Kopien des gesuchten Genomabschnitts entstehen, desto mehr Fluoreszenzlicht entsteht (IllustrationsvideoÖffnet sich in einem neuen Fenster). Diese Reaktion läuft in spezialisierten Geräten ab, die kontinuierlich (in „Echtzeit“) das entstehende Fluoreszenzlicht messen und diese Messwerte in Form einer Grafik anzeigen. Anhand dieser Messwerte lässt sich dann am Ende bestimmen, ob das gesuchte Virus in der Probe vorhanden war (à es wird ein Anstieg der Fluoreszenz gemessen) oder nicht.
PCRs sind sehr empfindlich und gleichzeitig sehr spezifisch, da jeweils nur ein Genomabschnitt des gesuchten Erregers vervielfältigt wird. Die Methode ist außerdem schnell durchzuführen – v.a. im Vergleich zur Zellkultur. So erhält man mittels PCR im optimalen Fall nach einem Arbeitstag ein endgültiges Ergebnis.