Mit der Immunfluoreszenz ist es möglich Viren in Tupfpräparaten, Gefrierschnitten und Zellkulturen direkt nachzuweisen. Dafür werden Antikörper genutzt, die spezifisch Proteine (Eiweißmoleküle) bestimmter Viren erkennen und daran binden. Solche Antikörper werden zusätzlich mit fluoreszierenden Farbstoffen verbunden, welche bei Betrachtung unter speziellen Immunfluoreszenzmikroskopen farbiges Licht abgeben. Als Farbstoff wird häufig FITC (Fluoresceinisothiocyanat) verwendet, welches bei Bestrahlung mit blauem UV-Licht grünes Licht abgibt. Bei der Untersuchung können die Proben nach einer Vorbehandlung direkt mit einem virusspezifischen Konjugat (= Verbindung aus einem Antikörper und einem Fluoreszenzfarbstoff) „gefärbt“ werden. Ist Virus vorhanden, sammelt sich Fluoreszenzfarbstoff an den Virusproteinen an und wird als farbig leuchtende Struktur sichtbar. Es handelt sich also um die Kombination einer Antigen/Antikörperreaktion mit einer morphologischen Auswertung, bei der die Lokalisation der Viren in der Zelle oder im Gewebe mit in die Beurteilung einfließt.
Eine Variante stellt die sog. indirekte d.h. zweistufige Immunfluoreszenzfärbung dar. Dabei wird die Probe zuerst mit einem virusspezifischen Antikörper ohne gebundenen Farbstoff behandelt. In einem zweiten Schritt wird dann ein Konjugat zugegeben, das den ersten Antikörper erkennt und daran bindet. Im Ergebnis wird hier ebenfalls die Anwesenheit von Virusproteinen durch eine Ansammlung des Fluoreszenzfarbstoffs angezeigt.
Der klassische Einsatz solcher Immunfluoreszenztests (IFT) ist der Tollwutvirusnachweis in Gehirntupfpräparaten tollwutverdächtiger Tiere. Ein großer Vorteil dieser Methode ist die kurze Untersuchungsdauer, welche nur 2-4 Stunden beträgt. Dies ist gerade bei einer Infektion mit Tollwutvirus von Bedeutung, da - wenn z.B. ein Mensch von einem tollwütigen Tier gebissen wurde - die Impfung schnellstmöglich eingeleitet werden muss.
Mit dieser Methode erfolgt u.a. auch der FIP (feline infektiöse Peritonitis) - Antigennachweis in Makrophagen oder nach zellkultureller Anzucht der Nachweis verschiedener Viren in der Zellkultur: BVDV, KSP, BHV1, canines Parvovirus etc.