Mykotoxine (Pilzgifte) sind natürliche, von Schimmelpilzen gebildete, Sekundärmetabolite. Es handelt sich in der Regel um thermostabile, niedermolekulare oft aromatische Substanzen, welche nur eine geringe antigene Wirkung im tierischen Organismus hervorrufen. Heute kennt man über 350 von diesen, für Mensch und Tier, zum Teil sehr giftigen Substanzen. Pilzbefall kann auf dem Feld, nach der Ernte und während der Lagerung (Lagertoxine) von Futtermitteln auftreten.
Der quantitative Nachweis der Mykotoxine wird entweder mit einer Schnellmethode, dem ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) oder der HPLC (high performance liquid chromatography) durchgeführt. Der Nachweis von Mykotoxinen, durchgeführt mit konventionellen Methoden, setzt eine aufwendige Vorreinigung der Extrakte und eine anschließende quantitative Endbestimmung mittels HPLC und UV- bzw. Fluoreszenzdetektion voraus. Diese Methodik ist auf der einen Seite sehr exakt, andererseits jedoch zeitaufwendig und teuer.
Aufgrund dieser Problematik wird im LHL zusätzlich ein immuncytochemisches Verfahren verwendet, welches ein effizientes Screening auf Deoxynivalenol in Getreideproben ermöglicht. Erhöhte Gehalte von Deoxynivalenol sollten jedoch mit dem exakteren Verfahren (HPLC) verifiziert werden. Dies gilt besonders für die Mykotoxinkonzentrationen, welche sich in den Bereichen der empfohlenen Orientierungswerte befinden.