Für die Beurteilung der mikrobiologischen Qualität werden im LHL eine Vielzahl unterschiedlicher qualitativer und quantitativer Bestimmungen von Keimen durchgeführt.
Im Wesentlichen zählen hierzu die Bestimmung der Bakterien- und Pilzkeimzahlen, ergänzt durch quantitative Bestimmungsmethoden von E. coli, Enterokokken und Listerien sowie dem Anreicherungsverfahren von Salmonellen. Die mikrobiologische Untersuchung von Futtermitteln auf Salmonellen ist aus seuchenhygienischer Sicht durch die Gefahr einer Verschleppung in Tierbeständen begründet. Die Übertragung von Salmonellen beim Menschen (Zoonose) erfolgt zwar überwiegend über Lebensmittel, jedoch ist die primäre Quelle von Infektionen oft auf verunreinigte Futtermittel zurückzuführen.